• Primero, instalamos Java 6 de Sun como administradores:
  sudo apt-get install sun-java6-jdk
• Descargar la versión 2.1 de GlassFish para Ubuntu (Linux):
  wget http://download.java.net/javaee5/v2.1_branch/promoted/Linux/glassfish-installer-v2.1-b60e-linux.jar
  Tarda un poco (59 Mb)
• Realizamos la instalación:
  sudo java -Xmx256M -jar glassfish-installer-v2.1-b60e-linux.jar
• Eliminamos el instalador y movemos la instalación a un lugar más adecuado como por ejemplo /opt:
  rm glassfish-installer-v2.1-b60e-linux.jar
  sudo mv glassfish /opt
• Creamos un usuario glassfish para ejecutar el servidor de aplicaciones:
  sudo adduser –home /opt/glassfish glassfish
• Cambiar los permisos del directorio para acceder sin ser superusuario:
  sudo chown -R glassfish /opt/glassfish
  sudo chgrp -R glassfish /opt/glassfish
• Dar permiso de ejecución a los scripts de Ant:
  cd /opt/glassfish/
  sudo chmod -R +x lib/ant/bin/
• Ejecutar la configuración:
  sudo -u glassfish lib/ant/bin/ant -f setup.xml
• Iniciar un dominio:
  sudo -u glassfish bin/asadmin start-domain domain1
• Probar en un navegador si carga la página de administración de GlassFish:
  http://servidor:4848
• Entrar mediante los valores por defecto; usuario admin y clave adminadmin

Ahora veamos los pasos para que se inicie GlassFish (dominio domain1) al arrancar la máquina servidor:

• Crear el fichero /etc/init.d/glassfish como administrador de esta forma:

  #! /bin/sh
  
  GLASSFISHPATH=/opt/glassfish/bin
  
  case "$1" in
      start)
         echo "starting glassfish from $GLASSFISHPATH"
         sudo -u glassfish $GLASSFISHPATH/asadmin start-domain domain1
      ;;
      restart)
          $0 stop
  	$0 start
      ;;
      stop)
          echo "stopping glassfish from $GLASSFISHPATH"
          sudo -u glassfish $GLASSFISHPATH/asadmin stop-domain domain1
      ;;
      *)
          echo "usage: $0 {start|stop|restart}"
  	exit 3
      ;;
  esac
  

• Darle permiso de ejecución al script:
  sudo chmod a+x /etc/init.d/glassfish
• Probar el script:
  sudo /etc/init.d/glassfish restart
• Crear los scripts para el inicio automático:
  sudo update-rc.d glassfish defaults 90 10
• Reiniciar la máquina para comprobar que el servidor de aplicaciones se inicia al arrancar el servidor

Sacado de http://tuxtraining.com/2008/11/14/installing-glassfish-2-on-ubuntu-710, aunque probado y actualizado para Ubuntu Server 9.10.